Struktur sekunder protein ialah bentuk (konformasi) tiga dimensi segmen tempatan protein. Dua elemen struktur sekunder yang paling biasa ialah heliks alfa dan helaian beta, walaupun belitan beta dan gelung omega juga berlaku. Unsur struktur sekunder biasanya terbentuk secara spontan sebagai perantara sebelum protein berlipat ke dalam struktur tertier tiga dimensinya.Struktur sekunder secara formal ditakrifkan oleh corak ikatan hidrogen antara hidrogen amino dan atom oksigen karboksil dalam tulang belakang peptida. Struktur sekunder boleh ditakrifkan secara alternatif berdasarkan corak biasa sudut dihedral tulang belakang di kawasan tertentu plot Ramachandran tanpa mengira sama ada ia mempunyai ikatan hidrogen yang betul.Konsep struktur sekunder mula diperkenalkan oleh Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang di Stanford pada 1952.[1][2] Jenis biopolimer lain seperti asid nukleik juga mempunyai ciri struktur sekunder.